Naast huisvliegen kunnen stalvliegen veel overlast veroorzaken in boerenbedrijven. De pijnlijke steken van de stalvlieg veroorzaken veel hinder bij de dieren maar ook bij mensen. Daarnaast kunnen de vliegen ook ziektes als de q-koorts of de Afrikaanse varkenspest verspreiden. Het is dan ook van groot belang om ze te bestrijden.
Biologische bestrijding
De verschillende stalsystemen in Nederland, met droge of drijfmest, vragen ook om een andere biologische bestrijding. In beide gevallen worden insecten ingezet zoals sluipwespen, roofmijten en roofvliegen. De stal- en de roofvlieg ontwikkelen zich beide als larve in de mest van koeien. Maar de larven van de roofvlieg parasiteren op de poppen van de stalvlieg en verwijderen ze daarmee uit de stal. De herintroductie van een andere vlieg zal bij de dieren niet voor overlast zorgen want de roofvlieg blijft vooral op de mest zitten en vliegt nauwelijks.
Deze vorm van biologische bestrijding middels vliegen is al 20 jaar bekend maar wordt nog veel te weinig toegepast. Bij Nederlandse boerenbedrijven is het een klein percentage dat gebruik maakt van deze vorm van bestrijding.