Jac.P.Thijsse sprak al over 'den merkwaardigen plantengroei' in het Naardermeer en dat is honderd jaar later niet anders. Alleen al in het trilveengebied staat het vol met rode lijstsoorten als moeraskartelblad, veenreukgras en orchideeën.
Rode Lijst
Op de graslanden in het Naardermeer komen onder meer de volgende Rode Lijst-soorten voor: moeraswespenorchis, groenknolorchis, vleeskleurige orchis, en welriekende nachtorchis. Planten die op de Rode Lijst staan zijn bedreigd.
Broekbos
Het oude deel van het Naardermeer binnen de kades bestaat voor ongeveer 30% uit bos. De typische en veelal oude moerasbossen behoren tot de bosgemeenschappen van broekbossen waarin zwarte els veel voor komt. Met name het gewoon elzenbroekbos, moerasvaren-elzenbroekbos en het berken-elzenbroekbos komen voor. Een belangrijk kenmerk van broekbossen is dat het er nat is. De grondwaterstand is hoog en daalt zelden onder het bodemoppervlak en de luchtvochtigheid is er hoog.