Zoals vele ander natuurgebieden in Nederland kampt ook het Naardermeer met de bedreiging door invasieve exoten. Zo is de Amerikaanse rivierkreeft dit jaar opgerukt naar het Naardermeer en breidt de zwarte appelbes ook enorm uit in het gebied.De zwarte appelbes (inheems in de VS) werd rond de twintig jaar geleden voor het eerst in het Naardermeer gesignaleerd. In die jaren was er bomenkweker vlak naast het Naardermeer gevestigd. Die kweekte ook appelbessen voor de verkoop. De spreeuwen waren dol op de besjes, aten hun buikje vol en vlogen naar het Naardermeer om daar te slapen en de pitten uit te poepen.
Watercrassula
Na de zomervakantie in 2018 ontdekte boswachter Luc Hoogenstein ook een grote nieuwe haard van late Guldenroede. Ook de Japanse duizendknoop en de watercrassula rukken op in het gebied. Maar ook de rode Amerikaanse rivierkreeft weet het Naardermeer te vinden. Met name in de natte periodes zoekt hij op land naar nieuw leefgebied.
Visarend
Sinds eind september zijn er ook twee visarenden te zien in het Naardermeer, een volwassene en een jong. Genoeg vis, helder water en veel rust, maakt het Naardermeer tot een ideale leefplek voor deze vogel. Broeden doet het dier nog niet in het Naardermeer, er staat wel al een kunstnest klaar in het gebied.